El 14 de febrero de 1989, un edicto religioso, o fatwa, instando a su ejecución fue leído en Radio Teherán por el ayatolá Ruhollah Jomeiní, el líder religioso de Irán. El edicto acusaba al libro de "blasfemo contra el Islam". Además, Jomeiní acusó a Rushdie del pecado de "apostasía", el abandono de la fe islámica que según los ahadiz, o tradiciones del profeta, debe castigarse con la muerte. La acusación de apostasía se debió a que Rushdie a través de la novela afirmaba no creer ya en el Islam. Jomeiní hizo un llamamiento a la ejecución del escritor, y también a la ejecución de aquellos editores que publicaran el libro conociendo sus contenidos.

El 24 de febrero, Jomeiní ofreció una recompensa de tres millones de dólares estadounidenses por la muerte de Rushdie. Rushdie pasaría años viviendo escondido bajo protección británica.

En los meses siguientes, se produjeron numerosas protestas contra el libro, incluidas quemas de librerías y protestas frente a embajadas británicas. En 1991, Hitoshi Igarashi, el traductor japonés del libro fue asesinado en Tokio, y el traductor italiano fue golpeado y apuñalado en Milán. En 1993, el editor noruego de Rushdie William Nygaard fue tiroteado frente a su casa en Oslo, resultando gravemente herido. 37 personas murieron en un hotel en Sivas, Turquía, al ser quemado por manifestantes que protestaban contra Aziz Nesin, el traductor turco de Rushdie.

También el músico Yusuf Islam (Cat Stevens), se expresó públicamente a favor de la fatwa en una entrevista en la televisión británica.

En 1990, Rushdie publicó un ensayo titulado In Good Faith ("De buena fe") para tranquilizar a sus críticos y afirmó su respeto por el Islam. A pesar de esto, las autoridades religiosas iraníes no anularon la fatwa. Aunque Rushdie ha hecho más declaraciones públicas en defensa de su libro y negando que éste insulte al Islam, muchos musulmanes aún consideran válido el edicto contra Rushdie.

En 1997, la recompensa fue doblada, y al año siguiente el fiscal general del estado iraní ratificó su apoyo.

En el año 1998, el Gobierno iraní se comprometió públicamente a no buscar la ejecución de Rushdie. Esto ocurrió en el marco de un acuerdo más amplio entre Irán y el Reino Unido para normalizar las relaciones entre los dos países. Posteriormente, Rushdie declaró que dejaría de vivir oculto. También declaró arrepentirse de haber llegado a afirmar ser musulmán practicante para tranquilizar los ánimos cuando, en realidad, no cree en el Islam ni en la religión.

A pesar de que el estado iraní ya no busca la ejecución de la fatwa, ésta sólo podría haber sido revocada por la persona que la emitió, Jomeiní, fallecido en 1989. Por ello, aún hoy en día algunos grupos fundamentalistas consideran que la fatwa sigue siendo válida independientemente de la postura del gobierno iraní.