Jaffa, desmoralizada por el saqueo de Alejandría, apenas opuso resistencia, pero Napoleón consideró oportuno dar satisfacción al ansia de rapiña, crueldad y violaciones de sus soldados, y dio licencia de saqueo. Asesinaron a mansalva a hombres, mujeres y niños, pero al parecer les interesaba más el robo o la violación que dar muertes que no obtenían recompensa, y esa desidia asesina de la tropa dejó vivos después de tres días de saqueo a tres mil prisioneros que se habían rendido y estaban concentrados en la ciudad.

Napoleón encontró inconveniente tener que alimentar a los soldados cautivos y dio orden de matarlos en las dunas al suroeste de Jaffa.

El general Bon dirigió la matanza. Comenzó por dividirlos en grupos y fusilarlos, pero, con el mismo espíritu ahorrativo de Napoleón hacia los víveres, calculó que era excesivo el gasto en municiones. El resto de los prisioneros fue muerto a golpes de bayoneta. Hasta el último de los tres mil hombres.

Como el método se improvisó, y resulta fatigoso dar muerte con bayoneta a tantos, hubo torpeza en la ejecución de la tarea. Los cuerpos se amontonaban en pirámides, en las que bajo los cadáveres surgían gemidos o movimientos que mostraban a los soldados franceses que algunos prisioneros permanecían con vida. Hubieron de realizar el doble esfuerzo de apartar cuerpos para rematar a los supervivientes, y amontonarlos de nuevo.

Al día siguiente, para ceñirse al ahorro de alimentos, en Jaffa encontraron otro recurso de economía: envenenaron a los enfermos del hospital.

Otro contingente de tropas enemigas, que desconocía el episodio anterior, se rindió. El mando francés era eficiente y aprendía sobre la marcha. Decidió además de economizar víveres y municiones, hacerlo con las fatigas de sus tropas. Perfeccionaron la técnica, por orden directa de Napoleón todos los miembros de esta masa de prisioneros murieron degollados. Arrodillados, atadas las manos a la espalda, el ejecutor desde atrás colocaba una rodilla entre los omoplatos de la víctima, con la mano izquierda agarraba el pelo y tiraba hacia atrás y a la izquierda, así quedaba el lado derecho del cuello con la yugular y carótida turgentes bajo la piel, en cómoda disposición para la cuchillada del asesino.

Una ley general de la biología indica que con la repetición del estímulo se atenúan las respuestas. También ocurre con el horror de los espectadores de un drama. La acumulación de cifras, en lugar de aumentar el espanto lo embota, y deja paso a la náusea.

Estremece y repugna al mismo tiempo, pensar en los aspectos materiales de esta segunda etapa de la carnicería de Jaffa. Un cuerpo humano adulto, con sección de las venas y arterias del cuello, puede eliminar casi cuatro litros de sangre.

Al conocer la campaña de Egipto nos quedan grabadas en la mente la brillante carga a los mamelucos, y la arenga lapidaria ante las pirámides: "... cuarenta siglos os contemplan". Cuando se escarba un poco más en la historia, las pirámides que destacan en la imaginación al recordar la campaña de Egipto son las de los cadáveres amontonados en Jaffa, y el inmenso charco de sangre que se filtra y coagula en la arena del desierto.

En la Europa aterrorizada por Napoleón no se olvidó el recuerdo de Jaffa. Años después, en el sitio de Ulm, Bonaparte envió el ultimátum: amenazó con repetir "lo de Jaffa". La intimidación surtió efecto; se rindieron en cadena de capitulaciones treinta mil hombres.